Beliau amat optimis untuk menggulingkan kerajaan BN negeri lantas mengambil keputusan untuk bertanding pada Pilihan Raya Umum Sabah 1999 di mana Parti Bersekutu menentang BN dan Parti Bersatu Sabah (PBS) di kesemua 48 kawasan Dewan Undangan Negeri Sabah. PBS sendiri hanya meletakkan calon di 40 kawasan.

Malangnya dalam PRU Sabah 1999, bukan sahaja Parti Bersekutu tewas di kesemua 48 kawasan yang ditandinginya malah calon-calon Bersekutu telah kehilangan wang pertaruhan mereka. Barisan Nasional berjaya memenangi 31 kerusi manakala PBS menang 17 kerusi. Melalui situasi tersebut dapat disimpulkan bahawa ternyata rakyat Sabah tidak boleh menerima pemimpin yang pernah menghitamkan sejarah Sabah pada lewat tahun 1970-an dan awal 1980-an. Sehingga kini Parti Bersekutu masih mengambil bahagian dalam Pilihan Raya Umum namun tetap gagal untuk mendapatkan sokongan rakyat.